Außerirdische regieren die Erde, bauen funkelnde Städte, die ein ideales Zukunftsbild für die Menschheit versprechen. Doch im Hintergrund verbirgt sich eine dunkle Verschwörung, die diejenigen auslöscht, die es wagen, sich dem neuen Weltordnungssystem zu widersetzen.

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Nur diejenigen, die am Ende der Welt leben, haben einige Freiheiten. Dort bereitet sich eine Kraft vor, die Menschheit erneut zu verteidigen.

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Immer wachsam und ständig in Bewegung müssen die verbleibenden Kräfte von XCOM einen Weg finden, die dunkle Wahrheit hinter der außerirdischen Besetzung aufzudecken und die Außerirdischen ein für alle Mal zu eliminieren.

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