Es war einmal, da versuchten Zauberer, das Heilige Reich von Hyrule zu erobern. Die Geister des Lichts versiegelten die Macht der Zauberer im Schattenkristall und verbannten sie ins Schattenreich jenseits des Spiegels der Schatten. Nun versucht eine böse Bedrohung, Midna, die Prinzessin des Schattenreichs, und die Fragmente des Schattenkristalls zu finden, um die Macht zu erlangen, sowohl über das Schattenreich als auch über die Welt des Lichts zu herrschen.