Die Geschichte beginnt, als der Protagonist, ein Schüler, nach einer falschen Anschuldigung wegen Angriffes nach Tokio versetzt wird. Während seiner Probezeit an der Shujin Academy entdeckt er die Metaverse, eine alternative Welt, die die verzerrten Wünsche der Menschen widerspiegelt. Gemeinsam mit anderen Schülern, die Ungerechtigkeit erlebt haben, bildet er die Gruppe Phantom Thieves of Hearts, mit dem Ziel, die Herzen korrupter Erwachsener zu verändern, indem sie in „Paläste“ eindringen — psychologische Versionen der Realität.

Die Royal-Version fügt Kasumi Yoshizawa hinzu, eine neue Figur mit eigener Geschichte und Persona, sowie den mysteriösen Berater Takuto Maruki. Sie umfasst auch ein zusätzliches drittes Semester, neue Dungeons, Verbesserungen im Gameplay und mehr soziale Aktivitäten. Das Spiel kombiniert JRPG-Kämpfe, soziale Simulation und psychologische Erzählung und behandelt Themen wie Freiheit, Unterdrückung und persönliche Entwicklung. Es gilt als eines der vollständigsten und beliebtesten Spiele der Persona-Reihe.