Es war einmal, da versuchten Zauberer, das Heilige Reich von Hyrule zu erobern. Die Geister des Lichts versiegelten die Macht der Zauberer im Schattenkristall und verbannten sie in das Schattenreich jenseits des Spiegels der Dämmerung. Jetzt versucht eine böse Bedrohung, Midna, die Prinzessin des Schattenreichs, und die Fragmente des Schattenkristalls zu finden, um die Macht zu erlangen, sowohl über das Schattenreich als auch über die Welt des Lichts zu herrschen.