Die Stätte wurde 1878 von Minos Kalokairinos entdeckt. Die Ausgrabungen in Knossos begannen 1900 durch den englischen Archäologen Sir Arthur Evans und sein Team und dauerten 35 Jahre. Die frühen Ausgrabungen und die teilweise Restaurierung des Palastes erfolgten unter der Leitung von Arthur Evans in den ersten Jahren des 20. Jahrhunderts. Die Größe des Palastes überstieg bei Weitem seine ursprünglichen Erwartungen, ebenso wie die Entdeckung von zwei alten Schriften, die er Linear A und Linear B nannte, um ihre Schrift von den ebenfalls vorhandenen Bildsymbolen zu unterscheiden. Aus der Ausgrabung des Palastes entwickelte Evans ein neues archäologisches Konzept der Kultur, das er minoisch nannte, und folgte damit der langjährigen Gewohnheit, alle Objekte aus dem Ort als minoisch zu kennzeichnen.

Der Palast von Knossos war zweifellos das rituelle und politische Zentrum der minoischen Kultur und Zivilisation. Er erscheint als ein Labyrinth aus Werkstätten, Wohnbereichen und Lagerräumen rund um einen zentralen Platz. Eine annähernd grafische Sicht auf einige Aspekte des kretischen Lebens in der Bronzezeit wird durch die Wiederherstellungen der Innen- und Außentapeten des Palastes sowie durch die dekorativen Muster der Keramik und die Symbole auf den Siegeln gegeben.

Der Palast wurde zu einem unbekannten Zeitpunkt am Ende der späten Bronzezeit, etwa 1380–1100 v. Chr., aufgegeben. Der genaue Anlass ist nicht mit Sicherheit bekannt, aber eine von vielen Zerstörungen, die den Palast trafen, wird allgemein angenommen. Die Bevölkerung, die die Gegend verließ, waren wahrscheinlich mykenische Griechen, die zuvor die Stadtstaaten erobert hatten und Linear B als ihre Verwaltungsschrift, im Gegensatz zu Linear A, der vorherigen Verwaltungsschrift, verwendeten. Der Hügel wurde nie wieder zu einer Siedlung oder urbanen Fläche, auch wenn die Eroberer ihn eine Zeit lang genutzt haben könnten.