Der Link, jetzt Ritter von Hylian, dient Prinzessin Zelda im Schloss von Hyrule. Als der Shadow Link die Prinzessin Zelda entführt, muss Link sich erneut vorbereiten, um die Kräfte des Bösen zu besiegen. Um dies zu erreichen, braucht er das legendäre Four Sword, aber um es zu erhalten, muss er eine alte böse Macht namens Vaati befreien und dann gegen sie kämpfen. Das Four Sword teilt Link auch in vier verschiedene Versionen seiner selbst, und diese neuen Links sind keine Verbündeten! Die Rettung von Zelda, der Sieg über Vaati und die Kontrolle über seine exzentrischen Selbst wird kein leichtes Unterfangen sein!