Nachdem er den bösen General Onox in Holodrum besiegt hat, kehrt Link nach Hyrule zurück. Eines Tages bittet Impa, die Begleiterin von Prinzessin Zelda, Link, sie in den Wald zu begleiten, um Nayru, das Orakel der Zeitalter, zu finden. Aber Veran, die böse Zauberin der Schatten, hat Impa besessen, um Link zu täuschen. Veran besitzt dann Nayru und reist in die Vergangenheit, um einen von Links Vorfahren zu töten, damit Link niemals geboren wird! Link kämpft erneut durch die Zeit, um Hyrule - und sich selbst - zu retten!