Die Geschichte spielt in der Stadt Soleanna, wo Sonic versucht, Prinzessin Elise vor Dr. Eggman zu retten, der die Zündkerze des Katastrophenfeuers, eine zerstörerische Kraft, die in ihr wohnt, freisetzen möchte. Gleichzeitig reist Silver the Hedgehog aus einer zerstörten Zukunft in die Vergangenheit, um den "Iblis Trigger" zu töten, da er glaubt, dass es Sonic ist. Shadow entdeckt, dass hinter allem Mephiles steckt, eine dunkle Entität, die sich mit Iblis verschmelzen und die Zeit zerstören möchte.