Die Geschichte folgt Altair unmittelbar nach den Ereignissen des ersten Assassin's Creed, als er die letzten Templer jagt, die aus dem Heiligen Land geflohen sind, um Zuflucht auf der Insel Zypern zu finden.
Das Spiel verwendet eine Third-Person-Kamera und der Charakter kann aus einer Vielzahl von Waffen und Erfindungen der Ära wählen, die dir das Leben erleichtern. Zusätzlich hast du die Möglichkeit zu entscheiden, wie du deinen Gegner töten möchtest. Du kannst ihn im direkten Kampf besiegen, ihn heimlich von hinten angreifen oder ihn mit bloßen Händen töten. Gleichzeitig hast du in Kämpfen eine Vielzahl von Bewegungen und Griffen zur Verfügung. Du hast auch die Möglichkeit, entweder leise zu gehen, um nicht von Wachen entdeckt zu werden, oder zu rennen, um ihrem Sichtfeld zu entkommen.