Komaru und Toko tauchen in die U-Bahn-Tunnel ein und finden eine unterirdische Arena, in der Masaru, der Anführer der Killer-Kinder, die sich die Krieger der Hoffnung nennen, triumphierend über einem Haufen toter Erwachsener steht... doch der Junge hat keine Chance gegen Genocide Jill und das Teamwork von Komaru!

Nachdem sie einen Feind besiegt haben, stellt sich die Frage, wer eigentlich ihr Freund ist... Shirokuma, eine gebleichte, bandagierte Version ihres Teddybären-Quälers, behauptet, sie mit dem Widerstand der Erwachsenen in Kontakt bringen zu können - aber ist es wirklich eine gute Idee, ihm noch tiefer zu folgen?

Basierend auf einem der vielen Videospiele der Danganronpa-Franchise ist Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls die fehlende Geschichte, die zwischen dem ursprünglichen Danganronpa: The Animation Manga und der kürzlich veröffentlichten Manga-Serie Danganronpa 2: Ultimate Luck and Hope and Despair spielt.