Die Geschichte beginnt nach den Ereignissen von Armageddon, als Raiden, kurz vor seinem Tod, eine Nachricht an sein früheres Ich sendet: „He must win“. Dies führt zu einer alternativen Nacherzählung der Ereignisse der ersten drei Mortal-Kombat-Spiele, bei der Raiden versucht, die Zukunft zu verändern und die Herrschaft von Shao Kahn zu verhindern. Die Erzählung entwickelt sich durch filmische Zwischensequenzen und Kämpfe, mit wechselnden Charakteren und Wendungen.