Neun Jahre nachdem er sein Gedächtnis wiedererlangt und verschwunden ist, wird der ehemalige Spezialagent Jason Bourne plötzlich aufgefordert, an die Spitze zurückzukehren, in einer Zeit, in der die Welt instabiler ist als je zuvor, um die verborgene Wahrheit über seine Vergangenheit und den Mord an seinem Vater zu enthüllen. Gleichzeitig wurde ein neues Programm geschaffen, um jedes verfügbare Kommunikationsnetzwerk und damit den globalen Terrorismus sowie alle Mittel der neuen Technologie zum Nutzen der amerikanischen Regierung zu kontrollieren.