Soul Hackers bietet ein Rollenspiel-Erlebnis aus der Ich-Perspektive mit Abenteuern in Dungeons in einer Zukunft, in der Technologie und übernatürliche Kräfte zu einer makabren Einheit aus Cyberpunk-Futurismus und gotischem Horror verschmelzen. Diese epische Sci-Fi-RPG-Geschichte erzählt von einer Stadt, die als Leuchtturm für die menschliche Beherrschung der Technologie gilt, aber ein teuflisches Geheimnis verbirgt. In dieser vermeintlichen Utopie ergreift eine Gruppe von Hackern Maßnahmen gegen eine geheime Gesellschaft, die seit Jahrhunderten besteht, und ein Kampf um die Kontrolle über das Schicksal der Menschheit steht bevor.

In der klassischen Tradition von Shin Megami Tensei haben die Spieler die verlockende Wahl, während sie die Dungeons erkunden, gegen die dämonischen Feinde zu kämpfen, die sie antreffen, oder mit ihnen zu verhandeln und zu versuchen, sie zu Verbündeten zu machen. Diese Version von Soul Hackers für Nintendo 3DS bringt das japanische Klassik für Spieler mit Verbesserungen wie 30 zusätzlichen Dämonen, einem neuen Eröffnungsvideo und einem thematischen Song, verbesserten Steuerungen und schnelleren Ladezeiten. Darüber hinaus können die Spieler den unteren Bildschirm des 3DS als automatische Kartenfunktion nutzen und ein COMP-Hack aktivieren, um den Schwierigkeitsgrad zu ändern und Karten zu vervollständigen, ohne herumlaufen zu müssen.

Nach Abschluss des Spiels bietet die 3DS-Version von Soul Hackers auch ein zusätzliches Bonuslevel, in dem die Spieler Zeugen des Erscheinens von Raidou Kuzunoha aus den vorherigen Devil Summoner-Spielen werden.