Die Menschheit hat die Sterne erreicht und ist Teil der großen intergalaktischen Gemeinschaft außerirdischer Spezies geworden. Aber jenseits der Grenzen des erforschten Weltraums verbergen sich die Reapers, eine Rasse intelligenter Raumschiffe, die den Zweck verfolgen, die organischen Spezies der Galaxie für dunkle Zwecke zu "ernten". Der Illusive Man, Anführer der pro-menschlichen Schattenorganisation Cerberus, ist einer der wenigen, die die Wahrheit über die Reapers kennen. Um das Überleben der Menschheit zu sichern, plant er einen verzweifelten Plan, um die Schwächen und Stärken des Feindes aufzudecken, indem er jemanden studiert, der modifizierte Reaper-Technologie implantiert hat. Er kennt den perfekten Kandidaten für seine grausamen Experimente: den ehemaligen Cerberus-Agenten Paul Grayson, der es geschafft hat, seine Tochter mit Hilfe der Leiterin des Ascension-Projekts, Kahlee Sanders, aus der Kontrolle des Kollektivs zu befreien. Als Kahlee erfährt, dass Grayson verschwunden ist, wendet sie sich an den einzigen Menschen, dem sie vertrauen kann: den Helden des Allianzkrieges, Captain David Anderson. Gemeinsam machen sie sich auf den Weg, die geheime Einrichtung von Cerberus zu finden, in der Grayson festgehalten wird. Aber sie sind nicht die einzigen, die ihn jagen. Und die Zeit läuft davon.