Die Clear Card setzt genau dort fort, wo die Serie Cardcaptor Sakura aufgehört hat, mit Sakura und Syaoran, die ihr Leben in der Mittelschule beginnen. Nachdem die endgültige Entscheidung gefallen ist, glaubt Sakura, dass das Schulleben ruhig sein wird, doch ihre Karten werden plötzlich leer! Die mysteriöse neue Kraft, die sie entdeckt, wird ihre Wahrnehmung...