Jedes Jahr wählt die Elite-Hope's Peak Academy nur die begabtesten und talentiertesten Schüler aus, um sich einzuschreiben... plus einen gewöhnlichen Schüler, der per Lotterie ausgewählt wird. Makoto Naegi war diese glückliche Person - oder so dachte er! Als er zum Unterricht erscheint, stellt er fest, dass die Elite-Schüler eine bizarre Gruppe von Sonderlingen unter der rücksichtslosen Autorität eines Roboter-Teddybären-Direktors namens Monokuma sind. Der Bär legt die Schulregeln fest: Der einzige Weg aus Hope's Peak besteht darin, nicht nur einen anderen Schüler zu ermorden... sondern auch damit davonzukommen, da jeder Mord von einem Tribunal gefolgt wird, bei dem die überlebenden Schüler sich gegenseitig befragen!

Inspiriert von der Danganronpa-Videospielserie und basierend auf dem gleichnamigen Anime ist der Danganropa-Manga eine skurrile, lustige, seltsame und dynamische Interpretation des Battle Royale-Genres in der High School.