Die Clear Card setzt genau dort fort, wo Cardcaptor Sakura aufgehört hat, mit Sakura und Syaoran, die mit der Oberschule beginnen. Mit der endgültigen Entscheidung, die getroffen wurde, glaubt Sakura, dass das Schulleben ruhig sein wird, aber plötzlich werden alle ihre Karten leer! Die mysteriöse neue Kraft, die sie entdeckt, wird die Art und Weise, wie sie über ihre Kräfte denkt, verändern...