Das Catan: Explorers & Pirates unterscheidet sich vom Basisspiel Catan in drei wesentlichen Punkten.

Erstens, anstatt auf einer einzigen Insel zu bauen und um Ressourcen zu konkurrieren, gibt es drei Inseln — aber nur eine ist zu Beginn des Spiels bekannt. Die Spieler starten von dieser Insel und bauen dann Schiffe und bringen Siedler ins Spiel, um in neue Gebiete zu reisen.
Wenn ein Schiff seine Bewegung neben einem unerforschten Gebiet abschließt, wird das entsprechende Hexagon aufgedeckt und ein zufällig gewählter nummerierter Würfel darauf platziert. Der Spieler, der es aufdeckt, erhält eine Ressource als Belohnung, sofern das Hexagon Ressourcen produziert. (Die Anzahl der unbekannten Kärtchen variiert je nach Szenario zwischen 16 und 32.)
Ein Siedler und ein Schiff können in Siedlungen umgewandelt werden, von denen aus Straßen und weitere Schiffe gebaut werden können, um die neue Welt weiter zu erkunden.

Zweitens, anstatt Städte zu bauen, erlaubt Catan: Explorers & Pirates den Spielern, Hafenansiedlungen zu errichten, für die sie zwei Getreide und zwei Erze bezahlen. Eine Hafenansiedlung bringt nur eine Ressource, wenn die entsprechende Zahl zu Beginn einer Runde gewürfelt wird. Wie Städte zählen auch Hafenansiedlungen zwei Siegpunkte (VPs), während die insgesamt für den Sieg benötigte Punktzahl vom jeweiligen Szenario abhängt.

Drittens, wenn ein Spieler während der Produktionsphase keine Ressource erhält (außer beim Würfeln einer 7), erhält er eine Goldmünze als Entschädigung. Zwei Goldmünzen können gegen die Bank in eine Ressource seiner Wahl umgetauscht werden. Gold hat auch andere Verwendungen, z.B. zur Flucht vor Piraten.

Die fünf Szenarien in Catan: Explorers & Pirates sind:

• Land Ho!
Erkunden Sie die Meere von Catan und entdecken Sie zwei neue Inseln, um Ihre Siedlungen zu erweitern. Nachdem Sie eine Insel entdeckt haben, müssen Sie Schiffe benutzen, um Siedler von Insel zu Insel zu transportieren und entfernte Gebiete zu besiedeln.
(Einführungs-Szenario)

• Pirate Lairs!
In diesem Szenario patrouillieren Piraten in den Meeren zusammen mit Ihren Handelsschiffen. Zahlen Sie Tribut an die Piraten oder vertreiben Sie sie, um ihre Verstecke zu finden und einzunehmen, um Gold und Siegpunkte zu gewinnen!
(Ein-Siegpunkt-Szenario)

• Fish for Catan!
Die Bewohner von Catan leiden an Nahrungsmittelknappheit, und es ist Zeit, aufs Meer zu ziehen und zu angeln. Es handelt sich jedoch um offene Meeresfische — zuerst müssen Sie ihre Herden finden, bevor Sie sie fangen können!
Der Rat von Catan belohnt die Spieler mit Siegpunkten sowohl für die Rückkehr der Fische auf die Insel als auch für die Eroberung piratischer Verstecke. Achtung vor herumziehenden Piraten — diese fordern nicht nur Gold, sondern könnten auch zuerst an die Fische gelangen!
(Zwei-Szenario)

• Spices for Catan!
In diesem Szenario fordert der Rat von Catan dich auf, Fische und Gewürze für das Volk von Catan zu finden! Wie zuvor werden die aktivsten Händler-Kapitäns mit Siegpunkten belohnt.
Um Gewürze zu erhalten, musst du Freundschaft mit den geheimnisvollen Bewohnern der Gewürzinseln schließen — im Gegenzug handeln sie nicht nur mit Gewürzen, sondern lehren dich auch ihre Navigationskenntnisse oder sogar Kampftechniken gegen Piraten!
(Zwei-Szenario)

• Explorers and Pirates!
Dieses umfangreiche und anspruchsvolle Szenario kombiniert alle Elemente der vorherigen Szenarien! Erkunden Sie neues Land, erobern Sie Piratenverstecke, fischen Sie und schließen Sie Freundschaft mit den Bewohnern der Gewürzinseln!
(Drei-Szenario)