Auf einer Müllhalde in der gesetzlosen Siedlung Scrapyard, weit unterhalb der mysteriösen Weltraumstadt Zalem, macht der in Ungnade gefallene Cyber-Doktor Daisuke Ido einen seltsamen Fund: den abgetrennten Kopf einer Cyborg-Frau, die all ihre Erinnerungen verloren hat. Er nennt sie Alita und stattet sie mit einem mächtigen neuen Körper aus, dem Berserker....