In naher Zukunft erscheint ein kolossales und mysteriöses Objekt unbekannter Herkunft in der Erdumlaufbahn. Aufgrund seiner Form nennt die Welt es das Metahedron. Eine vierköpfige Crew, genannt S.C.A.R. (Sentient Contact Assessment and Response), reist mit dem Schiff Hermes, um das mysteriöse außerirdische Objekt zu analysieren.

Als sie sich dem Metahedron nähern und beginnen, es elektronisch zu scannen, beginnt das Objekt, die Hermes zu sich hinzuziehen. Die Crew verliert die Kontrolle über das Schiff und alles wird weiß. Die Heldin des Spiels, Kate, kommt auf einem fremden Planeten zu Bewusstsein – sie ist völlig allein und die anderen Crewmitglieder sind nirgends zu sehen. Als sie beginnt, Visionen einer spektralen Gestalt zu sehen, entdeckt sie, dass seit Beginn ihrer Mission Wochen oder sogar Monate vergangen sind. Kate erfährt auch, dass ihr Team es geschafft hat, auf dem Planeten zu überleben. Während sie nach ihnen sucht, entdeckt sie, dass der Missionsleiter (Robinson) sich in eine abscheuliche Kreatur verwandelt hat, aber Tamara und Mike (die anderen Mitglieder) noch leben, obwohl Mike anscheinend beginnt, sich zu verwandeln und Tamara verschwunden ist, um einen Weg zu finden, ihm zu helfen. So beginnt eine Mission, um sie zu finden und zu retten.