Ein verfluchter Teenager rettet die Menschheit eine Seele nach der anderen.

In einer fiktiven England des 19. Jahrhunderts spielt D.Gray-man die Geschichte von Allen Walker, einem 15-jährigen Jungen, der die Erde durchstreift auf der Suche nach Unschuld. Nach der großen Flut in unbekannte Teile der Welt gespült, ist Unschuld die mysteriöse Substanz, die verwendet wird, um Waffen zu erschaffen, die Dämonen namens Akuma vernichten.

In der Gegenwart gelingt es Allen, mithilfe einer mächtigen Technik, seinen ehemaligen Kameraden im Black Order zu entkommen, und er bringt sich selbst und seinen mürrischen Kumpel Yu Kanda nach Edinstown, England, wo die Geschichte von Allen begann. Nachdem sie einen Golem losgeschickt haben, um ihre Verbündeten General Tiedoll und Johnny Gill zu finden, werden Allen und Yu mit einer Schwarm ihrer langjährigen Feinde, den Akuma, konfrontiert. In der Vergangenheit beginnt sich die seltsame Geschichte von Allen zu entfalten...