Knights of Sidonia wurde in einer Master Edition zusammengestellt, die größere Drucke, farbige Einlagen und omnibuse Bände enthält. Jeder Band der Master Edition fasst 2,5 Bände der originalen Knights of Sidonia Bände zusammen.

Nachdem ein verbotener Raum geöffnet wurde, ist der heldenhafte Pilot Saito nicht mehr der einzige legendäre Sidonianer mit einem täuschenden Avatar an Bord. Unterdessen zwingt ein herannahender Asteroid die mobilen Einheiten des Raumschiffs zu Scharmützeln in einer positiven Schwerkraftumgebung. Die Befehle gibt die stellvertretende Kommandantin Yuhata Midorikawa, noch neu in ihrer Rolle, unsicher aber unerschrocken.