Die Auswirkungen der Mutagen-Bombe setzen sich in immer beunruhigenderen Formen in NYC fort. Während die Regierung versucht, mit einer wachsenden humanitären Krise umzugehen, verschwinden Mutanten plötzlich. Die TMNT verfolgen die Hinweise bis zum Hafen und entdecken etwas Schreckliches, das nun in den Tiefen lebt!

In der Zwischenzeit könnte ein Zerwürfnis...