Dr. Eggman hat magische Kräfte entfesselt, die Sonics Welt in viele Regionen aufgeteilt haben. Diese Kräfte haben Sonic auch auf eine sehr seltsame Weise beeinflusst. Sonic muss seine Welt und sich selbst vor den gefährlichen magischen Kräften retten, die Dr. Eggman freigesetzt hat!