Die Legende erzählt von den kühnen Taten und der Gier des Phoenix-Syndikats, das an Macht gewann und ein galaktisches Imperium schuf, doch die alte Ordnung hat ihr Feuer verloren und ist mit den Angelegenheiten der Massen zufrieden geworden. Es ist Zeit für ein neues Syndikat, aus der Asche des Alten aufzusteigen und dabei einen sauberen Gewinn zu erzielen. Phoenix Syndikat ist ein Spiel über den Aufbau eines Agentennetzwerks auf Planeten, die über die Galaxie verstreut sind.

Jedes Mal, wenn du spielst, wird eine neue Galaxie mit einer zufälligen Anordnung galaktischer Sektoren erstellt. Du wirst im Spiel um Handelsrouten konkurrieren, von denen jede bestimmt, welche Systeme du in dein Netzwerk aufnehmen möchtest. Je besser du diese Handelsrouten erfüllen kannst, desto profitabler ist der Deal und desto mehr Credits wirst du verdienen.

Das Verbinden von Planeten mit deinem Netzwerk erfordert Ressourcen, die du natürlich von Planeten "erwirbst", auf denen du bereits Agenten hast. Während des Spiels hast du die Möglichkeit, jede Runde eine grundlegende Aktion auszuführen, die dann erschöpft wird, bis du eine Bereitstellen-Runde durchführst, um alle ausgegebenen Aktionsmarken zurückzugewinnen. Aktionen beginnen einfach, aber durch den Erwerb von Technikern kannst du sie verbessern.