Die Geschichte von Puzzle Bobble Everybubble! führt Bub, Bob, Peb und Pab zu den Rainbow Islands, wo Miniroon, ein mysteriöser Charakter, der Bub ähnelt, lebt. Eines Tages beginnt Miniroon plötzlich, Blasen zu machen, die die gesamte Insel bedecken und den Bewohnern Schwierigkeiten bereiten.

Es ist an der Zeit, dass die vier freundlichen Drachen eingreifen und Miniroon helfen, das Blasenmachen zu stoppen! In diesem neuen Abenteuer müssen die Spieler erneut die Blasen in einer Reihe von zunehmend herausfordernden und unterhaltsamen Stufen beseitigen. Um ihnen bei ihrer Mission zu helfen, können die Spieler zahlreiche Gegenstände und Tricks verwenden oder ihr Bestes alleine versuchen.