In diesem Spiel gibt Solid Snake seine Ruhestandspläne und Isolation in Alaska auf, um eine Mission bezüglich der Leiche von Big Boss zu übernehmen. Die Geschichte folgt der Infiltrationsmission, die später als "Shadow Moses Vorfall" bekannt werden sollte. Nicht nur wird das Geheimnis hinter Solid Snakes Geburt enthüllt, sondern auch sein Bruder tritt auf: Liquid Snake, der aus demselben genetischen Material geboren wurde. Die Geschichte über Genetik und illegale Atomwaffen wurde von den Medien als das ultimative Videospiel-Szenario des 20. Jahrhunderts gefeiert, während das Spiel für seine Nutzung der 3D-Grafiken der Sony PlayStation gelobt wurde, um ein immersives Infiltrationserlebnis zu bieten. Das Spiel enthielt viele neue Ideen, nutzte die Vibrationsfunktion des Controllers sowie verschiedene Geheimnisse, die in der Verpackung des Spiels versteckt waren. Dieser Titel war das dritte Spiel, das in der offiziellen Metal Gear-Serie veröffentlicht wurde.

Dieses Spiel zeigt zwei verschiedene Ereignisse: Das neue Mitglied von FOXHOUND, Raiden, nimmt es mit einer Gruppe von Terroristen auf, die bei dem Big Shell-Vorfall eine Offshore-Anlage besetzt haben. Dieses Spiel, das auf der PlayStation 2 veröffentlicht wurde, stellte den Spielern die Figur Raiden vor, der viele Techniken und Ideen von Solid Snake geerbt hat. Zusätzlich zur Fähigkeit des Zielens aus der ersten Person hatten die Spieler auch Zugang zu einer Vielzahl neuer Aktionen, wie das Festhalten von Feinden und das Entsorgen ihrer Körper. Es wurde als "das beste Gameplay-System des 21. Jahrhunderts" charakterisiert. Eine ultimative Version des Spiels namens Substance wurde später veröffentlicht. Dieser Titel war das vierte Spiel in der offiziellen Geschichte der Metal Gear-Serie.

Die Geschichte erzählt den Beginn der epischen Saga. Sie umfasst die Ereignisse sowohl der Virtuous Mission als auch der Operation Snake Eater und beschreibt, wie der Mann mit dem Codenamen Naked Snake den Titel Big Boss erlangte. Während frühere Spiele der Metal Gear-Serie in eher städtischen Umgebungen spielten und das Eindringen in Gebäude beinhalteten, ist dieses Spiel in einem unerbittlichen Dschungel angesiedelt. Neben dem Verstecken im Schatten können Spieler Outfits und Gesichtsbemalung als Tarnung verwenden, um sich in ihre Umgebung einzufügen. Dieses Gameplay-System wurde in Metal Gear Solid 4: Guns of the Patriots erweitert. Eine Version, die das ultimative Überlebenserlebnis bietet und Subsistence genannt wird, wurde später veröffentlicht. Dieser Titel war das fünfte Spiel, das in der offiziellen Geschichte der Metal Gear-Serie veröffentlicht wurde.

Solid Snake, ein Neuling in der FOXHOUND-Spezialeinheit, wird auf seine erste Mission unter dem Befehl seines Kommandanten Big Boss geschickt. Seine Befehle lauten, in die feindliche Nation OUTER HEAVEN einzudringen, wo ein zweibeiniger Panzer entwickelt wird, der in der Lage ist, von überall auf der Welt Nuklearraketen abzuschießen. Die Geschichte behandelt das, was später als der Outer Heaven Aufstand bezeichnet werden würde. Das Stealth-Action-Gameplay des Spiels, bei dem die Spieler unentdeckt in feindliche Gebiete eindringen mussten, und das harte Setting brachten ihm weltweit kritische Anerkennung ein. Das Spiel wurde im Guinness-Buch der Rekorde als das erste Konsolenspiel anerkannt, das Stealth als Kernbestandteil seines Gameplays nutzte. Dieser bahnbrechende Titel war das erste Spiel, das in der offiziellen Geschichte der Metal Gear-Serie veröffentlicht wurde.

In diesem Spiel möchte Solid Snake, der die FOXHOUND-Spezialeinheit verlassen hat, mit seinem Erzfeind Big Boss abrechnen. Die Geschichte behandelt das, was später als Zanzibar-Land-Störung bekannt wurde, und erhöht das Drama der Serie, indem sie den Grund für Big Boss' Handlungen und wie Soldaten ihren Sinn für Zweck verloren hatten, darstellt. Während sich das vorherige Spiel hauptsächlich darauf konzentrierte, die Entdeckung durch den Feind zu vermeiden, führte dieser neue Teil der Serie das Konzept des Klangs ein, bei dem feindliche Soldaten die Schritte von Snake hören und Spieler an Wände klopfen konnten, um die Aufmerksamkeit des Feindes zu erregen, was noch spannendere Stealth-Action-Gameplay ermöglichte. Dieser Titel war das zweite Spiel, das in der offiziellen Metal-Gear-Serie veröffentlicht wurde.