Die Geschichte von FireRed LeafGreen beginnt damit, dass Green bereit ist, ihre Eltern zu treffen, doch diese werden in eine Spirale verwickelt, die ein geheimnisvolles Pokémon erschafft! Red und Blue möchten helfen, aber zuerst müssen sie ihre Kampfkünste verbessern. Dann kehren die drei Schätze von Team Rocket mit ihren gewohnten Plänen zurück!

In der Geschichte von Emerald sind Gold und Crystal wieder da! Professor Oak schickt die beiden Freunde, um Red, Yellow, Blue und Green zu retten - die zu Stein verwandelt wurden! Aber zuerst muss das Paar gegen ein schreckliches Wesen kämpfen, das Archie, der ehemalige Anführer von Team Aqua, erschaffen wollte, indem er die Kräfte des Wunsch-Pokémons Jirachi nutzte!