Der Guerrilla findet 50 Jahre nach dem Original Red Faction auf dem Planeten Mars statt, der künstlich terraformiert wurde. Bergleute sind im Konflikt mit der Earth Defense Force (EDF), da diese mit ihrer immensen Macht Menschen zwingt und zwingt, für ihren eigenen Nutzen zu arbeiten. Sie übernehmen die Rolle von Alec Mason, einem Bergmann und Mitglied der revolutionären Organisation "Red Faction", der zusammen mit den anderen Mitgliedern für Freiheit und mehr kämpfen wird...