Auf einer Müllhalde im gesetzlosen Gebiet von Scrapyard entdeckt der angesehene Cyber-Arzt Daisuke Ido etwas Seltsames: der abgetrennte Kopf einer Cyber-Navigatorin, die all ihre Erinnerungen verloren hat. Er tauft sie Alita und stattet sie mit einem mächtigen neuen Körper, dem Berserker, aus. Während Alita sich an keine Einzelheiten aus ihrem früheren Leben...