Die Geschichte beginnt in Balamb Garden, einer Akademie, die Söldner ausbildet, bekannt als SeeD. Squall, zusammen mit Zell, Selphie, Quistis und später Irvine, übernimmt Missionen, um die Bedrohung durch die Zauberin Edea zu bekämpfen, die das Imperium von Galbadia kontrolliert. Während sich die Handlung entwickelt, wird offenbart, dass Edea nur eine Marionette von Ultimecia ist, einer Hexe aus der Zukunft, die versucht, die Zeit zu manipulieren und die Vergangenheit zu beherrschen.

Squall entwickelt eine tiefe Beziehung zu Rinoa Heartilly, einer Rebellin, die im Verlauf der Geschichte eine zentrale Figur wird, während sie magische Kräfte erlangt und mit Ultimecia verbunden ist. Das Spiel erkundet Themen wie Einsamkeit, Schicksal, Identität und emotionale Reife, mit filmischer Erzählweise und beeindruckenden Zwischensequenzen.