Clear Card beginnt genau dort, wo Cardcaptor Sakura aufgehört hat, mit Sakura und Syaoran, die die High School beginnen. Da die Endgültige Entscheidung getroffen wurde, denkt Sakura, dass das Schulleben ruhig sein wird, aber plötzlich werden all ihre Karten leer! Die geheimnisvolle neue Kraft, die sie entdeckt, wird ihre Sicht auf ihre Kräfte verändern...