Die Welt verändert sich und Rintaro Okabe findet sich im Jahr 2036, in der Zukunft, wieder. Die Welt sieht genau so aus, wie es ihm prophezeit wurde: eine Hölle voller Tod und Zerstörung. Nach diesem enttäuschenden Schicksal steht Rintaro aufrecht und stärkt sein Herz, entschlossen, diesem zukünftigen Leben ein Ende zu setzen. Die Helden von Steins;Gate kehren zurück für eine neue Zeitreise-Geschichte in einer alternativen Welt, in der die Mitglieder des Future Gadget Lab ihre ursprüngliche Mission nicht erfüllt haben. Kann eine letzte Chance zu einem glücklichen Ende führen?