Dieses Buch basiert auf einer Allegorie. Im "Phantom der Oper" – dem weltbekannten Musical – leitet ein genialer Komponist mit entstelltem Gesicht die Vorstellungen aus den dunklen Katakomben der Pariser Oper. Die Zuschauer genießen seine Werke, doch sein Gesicht weigern sie, anzusehen.

Die Wissenschaft, als ein weiteres Phantom der Oper, ist eine kreative Kraft, die ebenfalls die Welt aus dem "Untergrund" regiert. Sie erscheint jedoch in zwei unterschiedlichen Versionen: das Phantom in der Natur und das Phantom in unserer Kultur. Das Phantom in der Natur sind die grundlegenden Gesetze – die Gesetze des Mikrokosmos –, die die physische Welt aus dem Inneren der Materie regieren, während das Phantom in unserer Kultur mittlerweile die Wissenschaft selbst als gesellschaftliche Institution ist.

In beiden Versionen hat das Phantom ein sehr fremdartiges Gesicht. Die Gesetze des Mikrokosmos sind das Seltsamste, was wir bisher in der Natur gesehen haben, und auch das Gesicht der Wissenschaft als gesellschaftliche Institution ist dem modernen Menschen nicht besonders vertraut. Unsere Gesellschaften bewundern die Wissenschaft. Sie wissen, dass sie ihr den materiellen Reichtum verdanken, den sie genießen. Doch ihr wahres Gesicht, ihr grundlegender Antidogmatismus, der Geist des gesunden Skeptizismus, der sie kennzeichnet, möchten sie lieber nicht sehen. Es sollte besser im Dunkeln bleiben; im Untergrund.

Dieses Buch versucht, den Leser mit diesen weniger vertrauten Seiten der Wissenschaft zu versöhnen, während es gleichzeitig den moralischen Gehalt betont, der in der wissenschaftlichen Methode an sich liegt: das Recht, vernünftig zu zweifeln, und die Pflicht, frei zu denken und die empirische Realität als einzige Autorität anzuerkennen.