Der Prozess gegen Galilei stellt einen Meilenstein in der Geschichte der Wissenschaft und in der geistigen Geschichte der modernen Zeiten dar. In diesem Buch wird der Rahmen rekonstruiert, in dem die Entwicklungen stattfinden, die zum Prozess führen, durch die wissenschaftlichen, philosophischen, theologischen, politischen und ideologischen Auseinandersetzungen der Zeit, den Dreißigjährigen Krieg und die stetig zunehmende Präsenz der Jesuiten in der Bildung. Die Rekonstruktion des Rahmens basierte auf dem Archivmaterial von Galilei selbst, seinen veröffentlichten und unveröffentlichten Werken, den Akten der Inquisition sowie auf der Korrespondenz zwischen den Mitgliedern eines weitreichenden Netzwerks von Galileis Freunden und Feinden. Auch werden die wichtigsten Entwicklungen in den 350 Jahren nach dem Ende des Prozesses skizziert, als viele Gelehrte versuchten, Galilei zu verteidigen, während andere argumentierten, dass die Kirche richtig gehandelt habe.

Im Jahr 1616 hatte Galilei die Einschränkungen der Entscheidungen der Inquisition akzeptiert. Doch mit dem Buch, das er 1632 schreibt, versucht er, die Grenzen dieser Einschränkungen zu testen. Zudem glaubt er, dass der Papst – und in Anbetracht ihrer langjährigen Beziehung des gegenseitigen Respekts vor seiner Wahl – ihn nicht bis zum Äußersten verweisen würde. Die absolute Macht der Kirche erforderte jedoch absolute Gehorsamkeit; so wurde der Papst zu seinem schärfsten Ankläger.

Im Prozess gegen Galilei wird die Auffassung vertreten, dass das Problem für die katholische Kirche nicht so sehr die theologisch häretische Auffassung über die Bewegung der Erde war, sondern dass eine neue Kosmologie zu einer neuen Sicht auf die Natur führen würde; und dann würde der Aristotelismus, der bereits viele Angriffe erlitten hatte, zusammenbrechen, zusammen mit dem Ideen-System, das die immense soziale Macht von Philosophen und Theologen stützte. Astronomen, Mathematiker und Handwerker würden anfangen, eine dominante Rolle zu spielen, die gesellschaftlichen Verhältnisse würden sich verändern. Dies wollte die kirchliche Macht im 17. Jahrhundert vermeiden, und die traditionellen Auslegungen der Schriften gaben ihr das beste Alibi, um dies zu erreichen. Der ungehorsame Galilei könnte zu einem Symbol eines widerspenstigen Geistes werden, der die intellektuelle Hegemonie der Kirche untergraben würde.