Dreißig Jahre nachdem die Götter Tokio in Trümmer gelegt haben, machen sich Überlebende auf den Weg, um eine scheinbar unmögliche Frage zu beantworten: Wie tötet man einen Gott?

Japan wurde von Göttern überfallen, die nichts hinterlassen haben als Tod und Zerstörung. Da ganze Städte jetzt als unbewohnbare Gefahrenzonen eingestuft werden, ist Anti-Gott-Forscher Sachiyuki Tokinaga fest entschlossen, einen Weg zu finden, die Götter zu besiegen und die Menschheit zu retten. Als das Schicksal ihn zur Highschool-Schülerin Waka Kamikura führt, könnten die beiden das Schicksal der Welt für immer verändern.

Waka schwor, die Götter zu töten, was die Nachricht, dass der Gott in ihr lebt, umso beunruhigender macht. Währenddessen hat der Schlangengott, der Yoriko entführt hat und die Gestalt ihres Verlobten Minami angenommen hat, die Aufmerksamkeit der anderen Götter auf sich gezogen. Mit allen Augen auf ihn und das Institut gerichtet, welche neuen Schrecken werden die neu gewonnene Aufmerksamkeit der Götter für die menschlichen Forscher bedeuten?