In den dunkelsten Ecken des endlosen Weltraums lauert das absolute Böse. Die dunklen Mächte, angeführt vom Gott der Zerstörung, Bacterian, bereiten sich auf einen groß angelegten Angriff auf den Planeten Gradius vor.

Mit unermüdlicher Kraft drohen die dunklen Mächte, das Universum in einen vollständigen Krieg und totale Auslöschung zu stürzen. Ihre Invasion zerstört die Verteidigungslinien von Gradius, während die umliegenden Planeten wie Dominosteine fallen. Jetzt greift die böse Hand von Bacterian ins Herz des Widerstands... auf den Planeten Gradius selbst.

Um der drohenden Bedrohung zu begegnen, versammeln die vereinten Streitkräfte der Welt von Gradius all ihre Kriegsschiffe. Die einen Hälfte bildet ein Verteidigungsnetz, die andere Hälfte eine offensive Gruppe. Doch sie sind zahlenmäßig unterlegen, und die dunklen Mächte zerstreuen ihre fragile Verteidigungslinie mühelos. Kein Kämpfer überlebt das Gemetzel...

In einem letzten Versuch schicken die vereinten Streitkräfte von Gradius zwei Kreuzer, die zuvor als äußerst gefährlich für Kampfeinsätze galten: die diadore Kreuzer VIC VIPER. Die Kreuzer starten in den dunklen Kern, um an dem Kampf teilzunehmen, der über das Schicksal des Universums entscheiden wird...