Dreißig Jahre nachdem die Götter Tokio in Trümmer gelegt haben, machen sich Überlebende auf den Weg, um eine scheinbar unmögliche Frage zu beantworten – wie tötet man einen Gott?

Japan wurde von Göttern überfallen – und sie haben nichts hinterlassen als Tod und Zerstörung. Mit ganzen Städten, die jetzt als unbewohnbare Gefahrenzonen eingestuft werden, ist Anti-Gott-Forscher Sachiyuki Tokinaga fest entschlossen, einen Weg zu finden, die Götter zu besiegen und die Menschheit zu retten.

Als das Schicksal ihn zum Highschool-Schüler Waka Kamikura führt, könnten die beiden das Schicksal der Welt für immer verändern. Tokinaga hat es geschafft, die Menschen um ihn herum durch Zeitreisen zu schützen, doch jetzt kennt Waka sein Geheimnis.

Und um das Ganze noch schlimmer zu machen, breiten sich Tokinagas Verletzungen durch Wakas Angriff schneller aus als erwartet. Als Waka beschließt, das Institut selbst zu stürmen, könnte Tokinaga machtlos sein, ihn aufzuhalten.