Als ein neu entwickeltes Teleportationsgerät auf der Millennial Fair eine Fehlfunktion hat, muss der junge Crono durch die Zeit reisen, um seinen unglücklichen Begleiter vor einem komplexen Netz von Gefahren aus der Vergangenheit und Gegenwart zu retten.

Das spannende Abenteuer, das darauf folgt, enthüllt bald eine böse Macht, die die Welt zerstören wird, und löst Cronos Wettlauf gegen die Zeit aus, um den Lauf der Geschichte zu ändern und eine bessere Zukunft zu schaffen.