Der Desmond fällt ins Koma, nachdem er Lucy getötet hat, wie es Edenapple von ihm verlangt hat. Kurz darauf schließt er sich im Animus von William M. und einem unbekannten Assassinen an.

Um aus dem Koma aufzuwachen, muss Desmond einen Schlüssel finden: den Schlüssel, der ihn mit Altaïr Ibn La-Ahad und Ezio Auditore verbindet. Um dies zu erreichen, beginnt er, wieder mehr Erinnerungen an Ezio zu erleben. Während Ezio es geschafft hat, seine großen Gegner, die Templer, in seinem Heimatland Italien zu besiegen, und Antworten auf die Fragen zu suchen, die er unter dem Vatikan seit den Ereignissen in Crab gestellt hat, macht er sich auf den Weg nach Masyaf, um dort die Antworten zu finden.