Die Aliens beherrschen die Erde und bauen glitzernde Städte, die eine ideale Zukunft für die Menschheit versprechen. Doch dahinter verbirgt sich eine dunkle Verschwörung, die jene vernichtet, die es wagen, sich gegen die neue Ordnung zu widersetzen.

Nur diejenigen, die am Rande der Welt leben, haben bestimmte Freiheiten. Dort bereitet sich eine Macht darauf vor, die Menschheit erneut zu verteidigen.

Immer auf der Hut und immer in Bewegung müssen die verbleibenden Kräfte von XCOM einen Weg finden, die dunkle Wahrheit hinter der Alien-Besatzung aufzudecken und die Aliens ein für alle Mal zu eliminieren.