Drei Jahre nach den Ereignissen von God Eater: Resurrection löst ein mysteriöser roter Regen eine tödliche Pandemie namens die Schwarze Pest aus. Ohne bekannte Heilungsmöglichkeit hat diese Pest eine Todesrate von 100% bei Infektion.
Mitglieder der Spezialeinheit "Blood", einer Tochtergesellschaft der Fenrir-Organisation, werden zur Hilfe und Forschung entsandt. Übernehmen Sie die Kontrolle über ihren neuesten Strategen, während Sie unglaubliche Waffen einsetzen, sich riesigen Bestien stellen und mit einer ikonischen Besetzung von Charakteren zusammenarbeiten, die für die Menschheit in God Eater 2: Rage Burst kämpfen.