Als der Pokémon-Trainer Rot verschwindet, schließt sich sein treues Pikachu mit dem Trainer Amarillo del Bosque Verde zusammen, um ihn zu finden. Die Suche erfordert Intelligenz, Fähigkeiten und viel Hilfe von Rots Freunden und anderen Pokémon. Sie wird auch Gelb und Pikachu gegen die Top Vier antreten lassen, deren Hauptquartier auf der mysteriösen Insel...